بعث مجلس الكنائس العالمي الذي يمثل 350 كنيسة حول العالم،  رسالةً إلى الرئيس التركي أردوغان، حيث أبدى فيها استياء  المجلس من القرار المتخذ بحق آيا صوفيا.

كما أعلن المجلس الكنائسي أن هذا القرار آلمهم كثيراً وأثار لديهم العديد من المخاوف الأخرى، وأشار إلى أن مثل هذه القرارات من شأنها توتير العلاقات وخلق الفتن بين الأديان المتنوعة.

ووصف الأمين العام المؤقت لمجلس الكنائس العالمي، إيوان ساوكا، قرار الدولة التركية بأنها "إشارة إلى الانقسام والاستبعاد" وقال خلال تصريح له: "هذا القرار يقوض الجهود المبذولة لتقريب أتباع الأديان المختلفة من بعضهم البعض، كما أنه يشجع مجموعات أخرى خارج تركيا، تسعى إلى تغيير الواقع الراهن من خلال إحياء الانقسامات ما بين المجتمعات الدينية".